Rundę wiosenną 2000 r. Kuźnia rozpoczęła z nowym trenerem Wiesławem Nielabą i ostatecznie zajęła 10 miejsce w tabeli. Runda jesienna w wykonaniu piłkarzy pod wodzą W. Nielaby była najlepszą w historii klubu. W drużynie grali: Henryk Buchalik, Grzegorz Piotrowicz, Robert Marynowski, Andrzej Bukowczan, Wojciech Krupa, Dawid Szpak, Maciej Szatanik, Marcin Marianek, Michał Kotwica, Piotr Popławski, Mirosław Adamus, Mateusz Żebrowski, Mariusz Sałkiewicz, Tomasz Słonina, Roman Płaza, Janusz Szalbot, Mieczysław Sikora, Łukasz Czyż. Po rundzie jesiennej i rozegraniu dwóch spotkaniach rundy rewanżowej Kuźnia miała 7punktów przewagi nad następnym zespołem (Koszarawą Żywiec) i zajęła zdecydowanie 1 miejsce w tabeli.
Historyczny awans do IV ligi wydawał się być pewny. Wiosną doszło do konfliktu prezesa z trenerem. Trener Nielaba został odwołany a jego miejsce ponownie objął Piotr Krupa. Kuźnia rozgrywki zakończyła na 2 miejscu, ze stratą 4pkt. Do lidera, Koszarawy Żywiec.
W sezonie 2000/2001 mecz zespołu z Ustronia oglądała rekordowa ilość 4 tysięcy kibiców.
Kolejne zebranie sprawozdawczo – wyborcze odbyło się jesienią 1999 r. Dyskutowano głównie nad sposobami zdobywania pieniędzy dla klubu. Podczas zebrania zmieniono także statut klubu z 1951 r. Z powodu konfliktu jaki wynikł w sezonie 2000/01 doszło do rezygnacji większości członków zarządu. W sierpniu 2001 r. odbyło się nadzwyczajne zebranie, na którym wybrano nowy zarząd w składzie: prezes – Andrzej Georg, wiceprezes – Zdzisław Kaczorowski, Adrian Hojdysz, Janusz Janota, Krzysztof Tomaszek, Zbigniew Szczotka, Henryk Zloch. W listopadzie podpisano umowę o sponsorowaniu klubu przez firmy „Inżbud” i „Smakosz”, w związku z tym dokooptowano do zarządu klubu właścicieli firm Pana Ireneusza Sztukę oraz Krzysztofa Wróblewskiego. Klub zmienił dla celów marketingowych nazwę na „Klub Sportowy Kuźnia- Inżbud w Ustroniu”.
Po rezygnacji z funkcji prezesa A. Georga , funkcję prezesa objął Zdzisław Kaczorowski. W 2002 r. klub powiększył się o sekcję skoku o tyczce, a w 2003 r. o sekcję narciarską i sekcję snowboardu, której trenerem został Krzysztof Cimek. 2004 r. Kuźnia została wpisana do krajowego rejestru Sądowego.
W październiku 2001 r. nowym trenerem został Tadeusz Morgoł, jednak nie obejmował tej funkcji długo bo już na wiosnę drużyna rozpoczęła rozgrywki z grającym trenerem Dariuszem Halamą i zajęła 4 miejsce sezonie 2001/02. W kolejnym sezonie zespół znowu miał nowego trenera , Zbigniewa Janiszewskiego , który za cel stawiał awans z zespołem do IV ligi jednak i tym razem zabrakło szczęści i zespół ukończył rozgrywki na 3 miejscu. Rok 2000, w którym to piłkarze Kuźni byli bliscy osiągnięcia awansu do IV ligi, rozbudził wielkie emocje zarówno u działaczy jak i kibiców , którzy przez kolejne sezony wierzyli w to, że upragniony awans jest w zasięgu ręki. Kiedy okres ten minął pojawiły się pierwsze problemy. Zespół pod wodzą grającego trenera Grzegorza Wisełki zajął 9 miejsce w sezonie 2004/05. 21 sierpnia 2005 r. odbyło się walne zebranie poprzedzone burzliwymi przygotowaniami, w tym zebraniem sprawozdawczym w lipcu 2005 r. Zarządowi i prezesowi zarzucano niegospodarność i niewłaściwe gospodarowanie funduszami klubu. Wybrano nowy zarząd w składzie: prezes – Jacek Hyrnik, wiceprezesi – Adrian Hojdysz i Zbigniew Szczotka, członkowie – Mirosław Staniek, Piotr Juraszek, Karol Chraścina, Zdzisław Brachaczek. Na zebraniu podnoszono sprawę połączenia „KS Kuźni Ustroń” z „KS Nierodzim”.
W 2005 roku zespół objął Krzysztof Sornat. Zespół pod jego wodzą w sezonie 2005/06 zajął 5 miejsce w tabeli a w roku następnym miejsce 6.
Począwszy od sezonu 2007/2008 drużyna seniorów osiąga co roku coraz gorsze wyniki. Rok wcześniej zespół Krzysztofa Sornata zajął miejsce w czołówce, szósta pozycja nie była szczytem możliwości, ale zadowalała większość z kibiców. W 2008 roku miejsce 13 było zaskoczeniem in minus, nikt jednak nie spodziewał się by kolejne sezony miały być gorsze. Rok później reprezentacyjna drużyna KS Kuźnia Ustroń zajęła miejsce czternaste, ratując się przed spadkiem w ostatnim meczu pokonując Świt Cięcina na obiekcie rywala po bramce Rafała Podżorskiego, zdobytej w doliczonym czasie gry. Pomimo przeciętnej gry w lidze okręgowej, zespół seniorów świetnie sobie radził w rozgrywkach Pucharu Polski na szczeblu podokręgu i po wygranej w finale z LKS Goleszów aż 6:1, zespół Kuźni po raz drugi w historii sięgnął po to zaszczytne trofeum , dzięki czemu KS Kuźnia awansowała na szczebel wojewódzki tychże rozgrywek. Niestety rywalem z jakim zmierzyli się gracze trenera Sornata – KS Częstochowa, okazał się zbyt mocny i pokonując Kuźnię 3:0 awansował dalej.
Sezon 2009/2010 okazał się fatalny w skutkach. Po kolejnej fali odejść zawodników z drużyny seniorów, zespół przejął Michał Kurzeja – wcześniej gracz między innymi TS Podbeskidzie, jego zadaniem było pewne utrzymanie się w lidze okręgowej. W 17 zespołowej lidze, jedna z najmłodszych ekip nie sprostała zadaniu i po 14 sezonach spędzonych w lidze okręgowej, graczom Kuźni przyszło się z tym poziomem rozgrywkowym pożegnać. W międzyczasie szansy awansu do Ligi Wojewódzkiej nie udało się wykorzystać drużynie juniorów, w decydujących spotkaniach musieli oni uznać wyższość BKS Stal Bielsko-Biała.
Po spadku do A Klasy Skoczów, nastąpiła kolejna fala odejść zawodników co nie zwiastowało szybkiemu powrotowi do Beskidzkiej Ligi Okręgowej, po przeciętnej rundzie jesiennej z posady szkoleniowca zrezygnował Michał Kurzeja, a w jego miejsce zarząd klubu zatrudnił Marka Bakuna. Runda wiosenna zakończyła się zajęciem miejsca dziewiątego, co nie satysfakcjonowało ani sztabu szkoleniowego, ani kibiców. W okresie letnim doszło do zmian w zarządzie klubu. Po przeprowadzonych wyborach Prezesem klubu został Leszek Roman Zaręba, wiceprezesami Marek Matuszek i Artur Steczkiewicz, a skład zarządu uzupełniali Paweł Sztefek, Arkadiusz Matuszyński, Mateusz Żebrowski i Wojciech Panek
W sezonie 2010/2011 kadra zespołu została wzmocniona między innymi wychowankiem klubu – Mieczysławem Sikorą, który po występach między innymi w ŁKS Łódź, Odrze Wodzisław czy Elanie Toruń, powrócił w rodzinne strony i pomógł drużynie Kuźni powrócić do Beskidzkiej Ligi Okręgowej, zdobywając po drodze aż 51 bramek – zespół Kuźni w rozgrywkach A Klasy pobił rekord kolejnej ilości wygranych z rzędu, pokonując na boisku 16 rywali z kolei.
Po powrocie do Beskidzkiej Ligi Okręgowej, Kuźnia nie zamierzała poprzestawać i od razu zaczęła od mocnego uderzenia – walcząc do samego końca o awans do IV ligi, przegrywając go ze Spójnią Landek.
Nowo powstały zarząd klubu zaczął pracę od odbudowy zaniedbanych zespołów młodzieżowych, oraz od starań o modernizację stadionu, który w ówczesnej formie pamiętał jeszcze lata 50-te. Po zakończonym sezonie nastąpiła zmiana na stanowisko szkoleniowca pierwszego zespołu, Marka Bakuna zastąpił na tej pozycji wychowanek klubu – Mateusz Żebrowski.
Kolejne sezony to stabilizacja pozycji Kuźni w Lidze Okręgowej i zakotwiczenie w czołówce rozgrywek, w których zespół seniorów zajmował miejsca 7, 6 i 5. W 2015 roku doszło do kosmetycznych zmian zarządu KS Kuźnia. Prezesem klubu został Marek Matuszek, wiceprezesami Leszek Roman Zaręba i Artur Steczkiewicz, a uzupełnili go Adrian Sikora, Dariusz Czyż, Wojciech Panek i Mateusz Żebrowski.